2014-02-05

http 接続できない環境で github から clone して neobundle を使う

git Vim

http 接続できない環境で github にアクセスする方法を学んだのでメモ。もし ssh接続が可能なら、githubからリポジトリをcloneできる。そういう厳しい環境で neobundle を使う方法についてもメモ。

git clone できない悲しみ

$ git clone http://github.com/Shougo/neobundle.vim.git
Cloning into 'neobundle.vim'...
fatal: unable to access 'http://github.com/Shougo/neobundle.vim.git/'
     : Failed connect to github.com:443; Operation now in progress

解決法

まず github アカウントを作成して ssh鍵 (~/.ssh/id_rsa.pub とか) を登録する。

これで

$ git clone git@github.com:Shougo/neobundle.vim.git

が通るようになる。

次に ~/.gitconfig に

[url "git@github.com:"]
  insteadOf = git://github.com/
  insteadOf = https://github.com/
  insteadOf = http://github.com/

と追記する。これで

$ git clone http://github.com/Shougo/neobundle.vim.git

が通るようになった。めでたしめでたし。

蛇足 neobundle を使う場

neobundle を使うだけなら ~/.gitconfig を編集する必要は無い。とにかく neobundle.vim さえ手に入れれば、以下のように .vimrc を設定することで vim プラグインがインストールされる。要するに
NeoBundle 'thinca/vim-quickrun' ,{'type__protocol' : 'ssh' }
とすればよい。

" NeoBundle 'thinca/vim-quickrun'
"
" と書くと https で通信するのでエラーが出る
" [neobundle/install] (10/29): |vim-quickrun|
" git clone --recursive https://github.com/thinca/vim-quickrun.git
" ...
" Cloning into '/home/myname/.vim/neobundle/vim-quickrun'...
" fatal: unable to access 'https://github.com/thinca/vim-quickrun.git/'
"      : Failed connect to github.com:443; Operation now in progre

NeoBundle 'thinca/vim-quickrun' ,{'type__protocol' : 'ssh' }

" と書けば ssh が使用される。
" [neobundle/install] (10/29): |vim-quickrun|
" git clone --recursive git@github.com:thinca/vim-quickrun.git

2014-01-26

Linux Mint で sshd コマンドが見つからず困った話

Linux リモートログイン

Linux Mint では何故か sshd が ssh なので、ややこしいという話。

sshd のインストール

$ sudo apt-get install openssh-server

設定ファイル sshd_config の場所

/etc/ssh/sshd_config

sshdの再起動

$ sudo service ssh restart

普通は $ sudo /etc/init.d/sshd restart
とか $ sudo service sshd restart
なのに。統一してほしい。

参考:
[LinuxMint]SSH server インストール -- とりぷるぷぅ技術メモ

2014-01-09

Linux Mint の TeX Live で画像挿入するノウハウ

LaTeX Linux 画像 Windows

Linux Mint の TeX Live 2013 で画像を挿入したいのに、コンパイルエラーが出て困った(そして解決した)という話。

latexファイルの書き方

［改訂第6版］LaTeX2e 美文書作成入門の120ページや151ページによると、以下のようにして画像を挿入するのが良いらしい。

\documentclass{jsarticle}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\begin{document}

\begin{figure}[htpd]
  \centering
  \includegraphics[width=5cm]{gazo.pdf}
  \caption{画像だよ}
  \label{fig:gazo}
\end{figure}

% \begin{figure}[H]にすれば、必ずその位置に画像を挿入
% \includegraphics[]{./figdir/gazo.pdf} も可能
% \includegraphics[]{../figdir/gazo.pdf} も可能
% \includegraphics[]{gazo.png} も可能。jpgも可能
% 今後は eps より pdf が推奨される
% ファイル名にアンダースコア_が含まれるとエラーになる

\end{document}

しかし上記ファイルのコンパイルを試みると、gazo.xbbが見つかりません 的なエラーメッセージが現れた。

$ platex hoge.latex
... いろいろ表示される ...
! LaTeX Error: File `gazo.xbb' not found.
Use -shell-escape option to generate automatically.

なんで画像入れるだけで怒られなあかんのや。

解決法: texmf.cnf を編集する

TeX Live 2013 のインストール時に作成される usr/share/texlive/texmf/web2c/texmf.cnf というファイルを編集し、 shell_escape_commands = に extractbb を追加すれば、コンパイルが通るようになった。

具体的には、texmf.cnf の547行目あたりに

%...
%
shell_escape_commands = \
bibtex,bibtex8,\
kpsewhich,\
makeindex,\
mpost,\
repstopdf,\

% we'd like to allow:
%...

という箇所を見つけたので、以下のように extractbbを追加したらうまくいった。

%...
%
shell_escape_commands = \
bibtex,bibtex8,\
kpsewhich,\
makeindex,\
mpost,\
repstopdf,\
extractbb,\

% we'd like to allow:
%...

[追記 2014/01/10]

Windowsのw32tex環境でも同様のコンパイルエラーが発生したので、以下のように設定して問題を解決した。

....\w32tex\share\texmf-dist\web2c\texmf.cnf の485行目あたりの

% for being called from TeX.
% 
shell_escape_commands = \
bibtex,pbibtex,jbibtex,repstopdf,epspdf,extractbb,\
makeindex,mendex,mpost,pmpost,upmpost,kpsewhich

% we'd like to allow:

を

% for being called from TeX.
% 
shell_escape_commands = \
bibtex,pbibtex,jbibtex,repstopdf,epspdf,extractbb,\
makeindex,mendex,mpost,pmpost,upmpost,kpsewhich,\
extractbb

% we'd like to allow:

に変更すれば、コンパイルエラーが消えた。

2013-12-25

quickrunで部分コンパイル (LaTeXが捗る)

Vim LaTeX

Vim Advent Calendar 2013 の24日目の記事です。昨日は @thincaさんの submode.vim で特定の条件の時だけ submode に入るでした。

さて今日は、昨日担当者のthincaさん作の quickrun というVimプラグインの、 hook/eval/template という機能を紹介します。この機能はLaTeXで数式や表を作成する際に大変役立つのですが、あまり使われてない様子なので布教します。

一部だけコンパイルしたい

LaTeXを書くときに間違えやすい箇所といえば、数式(あるいは表)です。そこで何度も「書く→コンパイル→書く→コンパイル→修正→コンパイル...」という作業を繰り返すわけですが、 文章全体をコンパイルするのは不毛 じゃないですか？具体的には以下の様な点でアホだと思います。

今書いてる数式のpdfを見たい。他の箇所はいらない(邪魔)
特にpdfが複数ページだと、編集箇所を見つけるのが大変面倒
コンパイルに時間がかかる
pdfのサイズも増える

そこで部分コンパイルの出番です。

具体的にやりたいこと

visual-mode で選択した箇所をコンパイル
normal-mode で align 環境にいる場合、その数式部分だけコンパイル

とりあえず以上を目標にします。 align環境だけでなく、tabular環境等に拡張するのは容易です。

quickrunのtemplate機能を使う

quickrunの使い方は去年のVACの記事 quickrun.vim について語るにまとまっているので、既知とします。

さてquickrunにtemplateという機能があることを冒頭で述べましたが、簡単に説明すると「予めテンプレートを作成しておき、その中の %s を元のソースファイルに置き変える」という機能です詳細はhelpの quickrun-module-hook/eval という項目に載っています。今回のテンプレートとしては

プリアンブル
\begin{document}
%s
\end{document}

みたいなのを作っておけばよさそうです。

このtemplate機能、イイ線いってるものの、実現したい内容とは少し違います。テンプレート内の %s が元のソースファイルの一部に置き変わって欲しいのであって、全体が置き換わっては意味がありません。

そこで使うのが quickrunの 実行モード という機能です。要するに visual-mode から mode -v でquickrunを起動すると、選択領域が一時ファイルに書きだされた後、実行されます。詳細はhelpの

quickrun-option-mode
quickrun-option-tempfile

を参照してください。

実装

現在の僕の .vim/ftplugin/tex.vim は以下の様な感じです。

visual-modeでLaTeXファイルの一部を選択し、 <Space>sすれば、そこだけコンパイルされた tmptex.pdf が生成されます。またalign環境内で <Space>sすれば、その環境内の数式が入った tmptex.pdf が生成されます。

let g:quickrun_config.tmptex = {
\   'exec': [
\           'mv %s %a/tmptex.latex',
\           'platex -output-directory=%a %a/tmptex.latex',
\           'dvipdfmx -o %a/tmptex.pdf %a/tmptex.dvi',
\           ],
\
\   'outputter' : 'quickfix',
\                 
\   'hook/eval/enable'   : 1,
\   'hook/eval/cd'       : "%s:r",
\
\   'hook/eval/template' : '\documentclass{jarticle}'
\                         .'\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}'
\                         .'\begin{document}'
\                         .'%s'
\                         .'\end{document}', 
\
\   'hook/sweep/files'   : [ 
\                          '%a/tmptex.latex',
\                          '%a/tmptex.log',
\                          '%a/tmptex.aux',
\                          '%a/tmptex.dvi'
\                          ],
\}

vnoremap <silent><buffer> <Space>s  <ESC>:<C-u>
\let @x = expand("%:p:h:gs?\\\\?/?")<CR>
\gv:<C-u>quickrun -mode v -type tmptex -args @x<CR>

nnoremap <silent><buffer> <Space>s  :<C-u>
\let @x = expand("%:p:h:gs?\\\\?/?")<CR>
\mx
\?begin.*align<CR>V
\/end.*align<CR>
\:<C-u>quickrun -mode v -type tmptex -args @x<CR>
\`x

なんかごちゃごちゃしていますが、まず let g:quickrun_config.tmptex の部分から見ていきます。

execの部分は、要するに tmptex.pdf を得るための手続きが書かれています。 quickrunを呼び出す際に、LaTeXファイルの存在するパスを %a の引数として受け取ります。 %sは一時ファイル (visual-modeで選択した文字列が入っている) の名前です。

hook/eval/templateは、各自が最強のプリアンブルを容易する場所です。 hook/sweepは、コンパイル時の副産物を自動消去する設定です。

次に vnoremap の部分を見ます。 let @x = expand("%:p:h:gs?\\\\?/?") の部分は、LaTeXファイルの存在するパスを文字列として @x 変数に格納しています。その後、quickrunを-mode v で呼び出して、-args @x で引数として前述したファイルパスを渡しています。

最後の nnoremap の部分については、 vnoremap する前に begin{align}とend{align}の文字列を探してvisual選択してるだけなので割愛します。

vnoremapやnnoremap周辺の設定がごちゃごちゃしています。もっと簡潔に書きたいので、強い vimmer の天啓が下るよう祈ります。

他のマークアップ系言語でも、 template と mode -v のコンボは威力を発揮する気がします。

2013-12-22

sshfsでリモートのディレクトリをマウント

リモートログイン

リモートのデータをローカルにマウントする意義

多くの場合リモートの環境は貧弱で、そして解析すべき豊富なデータが眠っている。一方ローカルの環境は最強だが、解析すべきデータは無い。このミスマッチを解消するために、リモートの有用なディレクトリをローカルにマウントする作戦。筋が良い。

sshfsを使えばこの作戦が実行できる。つまり @dokoka という名のリモートサーバーにある /achira/ ディレクトリを、ローカルの空ディレクトリ /kochira/ にマウントできる。

何より便利なのは、ローカルにマウントした後、リモートの /achira を直接編集すると、ローカルの /kochira/ に即座に反映されるところ。逆に、ローカルで /kochira/ を編集すると、リモートの /achira/に反映される。

具体的な効能としては、たとえばローカルにしかインストールされていないリッチなソフトでリモートのファイルを解析できる。あるいはローカルの .zshrc や .vimrc の下でリモートのファイルを編集できる。他には、リモートで gnuplot して得た pdf ファイルをローカルで直接開けるようになった。リモートには X-window-system が無いので、今まで毎度毎度scpしていたが、今後は scp せずに済む。ありがたい。

sshfsのインストール

LinuxMintならaptで一撃だった。ローカルで以下のコマンドを実行すればよい。

$ sudo apt-get install sshfs

リモートのサーバーについては何も設定しなくてよい。

sshfsの使い方

前提として、リモートの @dokoka サーバーに ssh でアクセスできるとする。 sshfsを使うには、ローカルで以下のコマンドを実行すればよい。 /kochiraや/achiraは、適宜/home/auewe/datadirや~/datadirのように読み替えること。

$ mkdir /kochira
$ sshfs username@dokoka:/achira /kochira
### scpでリモートのディレクトリをコピーするのと同じ構文

これで @dokoka という名のリモートサーバーにある /achira/ ディレクトリを、ローカルにある空のディレクトリ /kochira/ にマウントできた。

アンマウントするには、ローカルで以下のコマンドを実行。

$ fusermount -u /kochira

参考 sshで他マシンのファイルシステムをマウントするには

2013-12-01

はてなブログにLaTeXで数式を書く (Markdown記法用)

LaTeX

追記 2014/05/10 この記事は古いので、はてなブログの LaTeX 数式表示がデフォルトで MathJax 化されたを参照してください。

MathJaxを導入したら、はてなブログがMarkdown+LaTeXという夢の様な環境になって便利という話。

はてな記法で数式を書く

以前は以下の方法ではてなブログに数式を書いていた。いわゆるはてな記法を使う方法。

[tex:{ \displaystyle
b_n = \sum_{m=0}^{N-1} a_m
}]

${ \displaystyle b_n = \sum_{m=0}^{N-1} a_m }$

この方式では数式が画像に変換されてしまい、よくない。

MathJaxで数式を書く

画像化するのではなく、javascriptでフォントの位置とサイズを整えて数式を表示するMathJaxという仕組みがある。 MathJaxはすでに有力な標準仕様で、画像化するより MathJaxを使ったほうが綺麗らしいので乗り換えた。 LaTeXコマンドをそのままブログに書ける ので、かなり便利。　

導入の詳細ははてなブログで MathJax $ \alpha^{\beta^{\gamma}} $ (←リンク名にも数式が使えるのだ) や MathJaxでの数式表示を試すを参照。要するにはてなブログのサイドバーに

<script
  type="text/javascript"
  src="https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML"
></script>

と書くだけ。むっちゃ簡単。

文中の数式は、以下のように\$と\$で数式部を挟む。

京都北山 \\( \alpha \\) ステーション！

京都北山 $ \alpha $ ステーション！

普通のLaTeXでは $ \alpha $ とするけれど、 MathJaxでは $ 記号が推奨されない。そのかわり、普通のMathJaxでは$ \alpha $とするのが推奨されている。ただしこのブログは Markdown で書かれてるのでエスケープを2重にしなければならない。つまり\$ \alpha \$とする。エスケープ関連の問題はややこしいので追記に書いた。

別行立ての数式を書く時はalign環境を使う。

\begin{align\*}
b_n = \sum_{m=0}^{N-1} a_m
\end{align\*}

\begin{align} b_n = \sum_{m=0}^{N-1} a_m \end{align}

算数のおべんきょうが捗る。

2014/02/17 追記

id:tosh1ki さんに指摘されたので追記します。
参考 : はてなブログ(Markdown記法)+MathJaxの記入例

MathJax環境内では _,*[]() の文字をエスケープしないと、数式化されない場合がある。一例を上記ブログから引用する。

アンダースコアを全てエスケープした場合

\\(
\mathcal{Z}[x\_{n}]=\sum\_{n=-\infty}^{\infty} x\_{n}z^{-n}\\
\\)

$ \mathcal{Z}[x_{n}]=\sum_{n=-\infty}^{\infty} x_{n}z^{-n}\ $

↑正しく数式化された。

アンダースコアのエスケープを外した場合

\\(
\mathcal{Z}[x_{n}]=\sum_{n=-\infty}^{\infty} x_{n}z^{-n}\\
\\)

$ \mathcal{Z}[x{n}]=\sum{n=-\infty}^{\infty} x_{n}z^{-n}\ $

↑数式化されない!!

きちんとエスケープしましょう。

2013-11-25

C言語からLAPACKを呼んで逆行列を求める(LU分解する)

C 数値計算 LAPACK

数値解析の授業で逆行列は求めちゃダメって言われたけど、気にしない気にしない。

実行列の逆行列を求める

Fortranの DGETRF でLU分解した後、 DGETRI で逆行列を求める。

/*
 * hoge.c
 * SIZE*SIZE型の実行列の逆行列を計算
 * 元の行列は
 *  (2 3  )
 *  (1 0.5)
 */

#define SIZE 2
#include <stdio.h>

int main(void){
  int    m       = SIZE ; // 行のサイズ
  int    n       = SIZE ; // 列のサイズ
  int    lda     = SIZE ; // mと同じ値
  double A[SIZE*SIZE]   ; // m x n の行列成分。この行列の逆行列を求める。
  A[0] = 2.0 ;A[2] = 3.0;
  A[1] = 1.0 ;A[3] = 0.5;
  int    info           ; // 計算が成功すれば0を返す
  int    ipiv[SIZE]     ; // 要素数はm,nのうち小さい方とする
  int    lwork   = SIZE ; // nと同じ値
  double work[SIZE]     ; // 要素数はlworkと同じ値

  // LAPACKのdgetrfサブルーチンを呼んで、行列AをLU分解
  // 引数は全て参照渡し
  dgetrf_( &m, &n, A, &lda, ipiv, &info);

  // LU分解後の行列から逆行列を求める
  // 逆行列は元の配列Aに入る
  dgetri_( &n, A, &lda, ipiv, work, &lwork, &info);

  printf("%+8.5lf %+8.5lf\n", A[0], A[2]);
  printf("%+8.5lf %+8.5lf\n", A[1], A[3]);
}

コンパイルと実行結果

$ gcc hoge.c -llapack -lblas -lm
$ a.out
-0.25000 +1.50000
+0.50000 -1.00000

引数の詳細については、下手な解説を見るより dgetrf と dgetri を読むのが一番わかりやすい。

CとFortranの配列形式の違いについては、 CとFortranで行列の添字が異なる点への注意喚起に書いた。

複素行列の逆行列を求める

Fortarnの ZGETRF でLU分解した後、 ZGETRI で逆行列を求める。実行列の場合との違いは、行列Aと配列workの型がdoubleからdouble _Complexに変わったところ。

/*
 * hoge.c
 * SIZE*SIZE型の複素行列の逆行列を計算
 * 元の行列は
 *  (0.5+i 1.0+0.5i)
 *  (2.0   1.0     )
 */

#define SIZE 2   // 2*2型の行列
#include <stdio.h>
#include <complex.h>

int main(void){
  int    m       = SIZE        ; // 行のサイズ
  int    n       = SIZE        ; // 列のサイズ
  int    lda     = SIZE        ; // mと同じ値
  double _Complex A[SIZE*SIZE] ; // m x n の行列成分。この行列の逆行列を求める。
  A[0]= 0.5+I ; A[2]= 1.0+0.5*I;
  A[1]= 2.0   ; A[3]= 1.0;
  int    info                  ; // 計算が成功すれば0を返す
  int    ipiv[SIZE]            ; // 要素数はm,nのうち小さい方とする
  int    lwork   = SIZE        ; // nと同じ値
  double _Complex  work[SIZE]  ; // 要素数はlworkと同じ値

  // LAPACKのzgetrfサブルーチンを呼んで、行列AをLU分解
  // 引数は全て参照渡し
  zgetrf_( &m, &n, A, &lda, ipiv, &info);

  // LU分解後の行列から逆行列を求める
  // 逆行列は元の配列Aに入る
  zgetri_( &n, A, &lda, ipiv, work, &lwork, &info);

  printf("%+8.5lf%+8.5lfI %+8.5lf%+8.5lfI\n", creal(A[0]), cimag(A[0]), creal(A[2]), cimag(A[2]));
  printf("%+8.5lf%+8.5lfI %+8.5lf%+8.5lfI\n", creal(A[1]), cimag(A[1]), creal(A[3]), cimag(A[3]));
}